Το ιερότερο προσκύνημα της ποντιακής γης, φάρος ακτινοβολών Ορθοδοξία και Ελληνισμό ήταν ανέκαθεν η μονή της Παναγίας στο όρος Μελά, νότια της Τραπεζούντας. Η παράδοση θέλει δύο Αθηναίους μοναχούς, το Βαρνάβα και το Σωφρόνιο, να φτάνουν στα βουνά του Πόντου, και με θαυματουργική παρέμβαση η Παναγία να τους επιδεικνύει το χώρο στον οποίο βρισκόταν η εικόνα της Παναγίας της Αθηνιώτισσας, έργο του Ευαγγελιστή Λουκά. Το μοναστήρι πρέπει να ιδρύθηκε γύρω στο 10ο αιώνα, ύστερα από επιδρομή Σαρακηνών στην Αθήνα, οπότε χρειάστηκε να φυγαδευτεί η εικόνα της Παναγίας της Αθηνιώτισσας μακριά.Η μονή κτίστηκε στο κοίλωμα ενός κάθετου βράχου και δεσπόζει μετέωρη στα μάτια του προσκυνητή. Από το 1860 λειτουργούσε και τετραώροφος ξενώνας με 72 δωμάτια και άλλους χώρους. Η ύδρευση της μονής εξασφαλιζόταν από το αγίασμα που ανάβλυζε με θαυματουργό τρόπο μέσα από το βράχο. Οι θεραπευτικές του ιδιότητες, μάλιστα, ήταν ο λόγος που πολλοί, όχι μόνο χριστιανοί, αλλά και μουσουλμάνοι, ζητούσαν τη χάρη της Παναγίας. Ο πλούτος που σταδιακά συγκέντρωσε η μονή είτε από προσκυνητές, είτε κυρίως από γενναίες χορηγίες των Μεγάλων Κομνηνών της Τραπεζούντας, συχνά ήταν ο λόγος για τις ληστρικές επιθέσεις που δεχόταν. Αργότερα και σουλτανικά φιρμάνια και πατριαρχικά σιγίλλια επιβεβαίωσαν τα προνόμια που κατά καιρούς είχε αποκτήσει η μονή. Το 1922, οι Τσέτες εισέβαλαν στη μονή, λεηλάτησαν τα κειμήλια της και την ερήμωσαν. Σήμερα χάσκει μνημείο εγκαταλελειμμένο στα χτυπήματα του χρόνου.
Αλλα σημαντικά μοναστήρια στον Πόντο ήταν αυτό του Αγίου Ιωάννη της Βαζελώνος και του Αγίου Γεωργίου Περιστερεώτα. Το πρώτο κτίστηκε κατά παράδοση το 270 μ.Χ. και απέκτησε ιδιαίτερη φήμη στα χρόνια της αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας (1204-1461). Στα αρχεία του βρίσκονταν αυτοκρατορικά χρυσόβουλλα και πλήθος άλλων πολύτιμων εγγράφων, που Ρώσοι λεηλάτησαν το 1916, όταν κατέλαβαν τον Πόντο. Η δεύτερη ιδρύθηκε το 752, όταν κατά παράδοση τρία περιστέρια οδήγησαν τρεις ασκητές από τα Σούρμενα στην περιοχή. Πάνω στους γυμνούς κι απόκρημνους βράχους της περιοχής, οι ασκητές έκτισαν τα καταλύματα τους, που εξελίχθηκαν σε μια σημαντική μονή με πλούσιο φιλανθρωπικό έργο στη γύρω περιοχή αλλά και με μια πολύτιμη σε έγγραφα βιβλιοθήκη.
Γενικότερα, η Εκκλησία στον Πόντο ήταν ο προστάτης των χριστιανών από το οθωμανικό κράτος. Κάθε μητροπολίτης, επίσκοπος ή αρχιερατικός επίτροπος προήδρευε στα κοινοτικά, επαρχιακά και ενοριακά συμβούλια των ελληνικών κοινοτήτων, αντιμετωπίζοντας καθημερινά δυσεπίλυτα διοικητικά και οικονομικά προβλήματα. Ο μητροπολίτης Τραπεζούντας, όπως ήταν αποδεκτό από το τουρκικό κράτος, είχε την ηγεσία των χριστιανών της μητρόπολής του. Τον 20ο αιώνα, συχνά παρενέβαινε για να σώσει Έλληνες από τα διαβόητα τάγματα εργασίας. Την ηγετική θέση, για παράδειγμα, του μητροπολίτη Χρύσανθου στην επαρχία του παραδέχθηκαν και οι Τούρκοι και οι Ρώσοι, όταν κατά τη διάρκεια του Α΄ Παγκοσμίου πολέμου σ αυτόν ανέθεσαν διαδοχικά τη διοίκηση της επαρχίας Τραπεζούντας.
Στα γράμματα και την εκπαίδευση, επίσης, η προσφορά της Εκκλησίας ήταν μεγάλη, αφού οι μονές υπήρξαν και σχολεία. Στην Τραπεζούντα το πρώτο Φροντιστήριο (1682) στεγάστηκε σε μετόχι μονής ενώ οι δάσκαλοι ήταν πολύ συχνά ιερωμένοι.